Створення оптимізованої програмної бібліотеки ATLAS на ОС Ubuntu 14.10 (64 bit)

ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software) -  це програмна бібліотека для лінійної алгебри.
Згідно статті у вікіпедії, ATLAS використовується у наступних добре відомих програмах математичних розрахунків:  MATLAB, Mathematica, Scilab, Sage та GNU Octave.
Найкращий спосіб побудувати бібліотеку ATLAS, налаштовану для конкретного процесора, це слідувати інструкції README.Debian, котру ви можете знайти у теці: /usr/share/doc/libatlas3-base

Спочатку нам потрібно вимкнути режим дроселювання частоти всіх ядер/потоків процесора. Для цього відкриваємо Термінал та виконуємо  команди (нижче подаю команди для процесора Intel® Core™ i7-3930K
на 6 ядер/12 потоків):
sudo apt-get install cpufrequtils

sudo cpufreq-set -g performance -c 0
sudo cpufreq-set -g performance -c 1
sudo cpufreq-set -g performance -c 2
sudo cpufreq-set -g performance -c 3
sudo cpufreq-set -g performance -c 4
sudo cpufreq-set -g performance -c 5
sudo cpufreq-set -g performance -c 6
sudo cpufreq-set -g performance -c 7
sudo cpufreq-set -g performance -c 8
sudo cpufreq-set -g performance -c 9
sudo cpufreq-set -g performance -c 10
sudo cpufreq-set -g performance -c 11

Після цього, ми можемо почати створювати власне оптимізовану програмну бібліотеку ATLAS.

Виконуємо у Терміналі наступні команди:
apt-get source atlas
sudo apt-get build-dep atlas
sudo apt-get install devscripts 

Опис команд: 
1. команда apt-get source atlas завантажує у домашню теку програмні коди
ATLAS: наразі то версія atlas-3.10.2
2. команда sudo apt-get build-dep atlas пише сама за себе: 
Зчитування переліків пакунків... Виконано
Побудова дерева залежностей                       
Зчитування інформації про стан... Виконано
3. команда sudo apt-get install devscripts встановлює devscripts - "Сценарії, що спрощують життя супроводжувачам пакунків Debian".

Тепер можемо почати збирати оптимізовані пакунки. Для цього переходимо у теку із завантаженими кодами та виконуємо команду:
cd atlas-3.10.2
fakeroot debian/rules custom

...але зазнаємо невдачу:

 

Тут у нас є два шляхи:

1. клянемо Linux :)

2. латаємо коди та повторно виконуємо команду fakeroot debian/rules custom 

Якщо вас зацікавив другий шлях, то відкриваємо ще один Термінал, щоб залатати коди наступними командами (див. сторінку, звідки я взяв ту латку):

cd atlas-3.10.2/CONFIG/src

patch -p0 config.c << EOF
@@ -1026,7 +1026,7 @@
    *verb = 0;
    *NoCygwin = 0;
    *NoF77 = 0;
-   *ThrChk = 1;
+   *ThrChk = 0;
    *nthreads = -1;
    *tids = NULL;
    *omp = *AntThr = 0;
EOF

  

Правка кодів завершилась успішно:

Повертаємось у перший Термінал, у котрому ми вже пробували зібрати оптимізовану бібліотеку, та повторно виконуємо команду:

fakeroot debian/rules custom 

Операції команди закінчуються десь через 5 хвилин (або більше для слабших процесорів!) створенням файлів, серед яких шість deb:

Тепер ми можемо встановити оптимізований

ATLAS, але попередньо видалимо її вже встановлені файли.
 

Компіляція та встановлення SCAMP на Ubuntu 14.10

SCAMP використовує  каталоги, побудовані SExtractor, для повністю автоматичного обчислення астрометрії та фотометрії будь-якої довільної послідовності астрономічних FITS зображень.

Оскільки SCAMP потребує cdsclient, по спочатку завантажимо та встановимо його. Відкриваємо Термінал та виконуємо команди::
wget http://cdsarc.u-strasbg.fr/ftp/pub/sw/cdsclient.tar.gz
tar xvzf cdsclient.tar.gz
cd cdsclient*
./configure
make
sudo make install

Увага! Ймовірно, що вам також буде неохідно встановити залежності:
sudo apt-get install gawk
sudo apt-get install libplplot-dev libatlas-dev libatlas3-base libatlas-base-dev
sudo apt-get install libfftw3-dev 
sudo apt-get install plplot12-driver-gd

Тепер завантажимо архів кодів програми, використавши посилання на ось цій сторінці. 
Наразі найсвіжішою є субверсія trunk.r328, котру ми й завантажимо та розпакуємо у домашню директорію.

Відкриваємо Термінал та виконуємо наступні команди:
cd trunk.r328
./configure --enable-threads=12 --with-cdsclient-dir=/usr/local/bin --with-atlas-libdir=/usr/lib/ --with-atlas-incdir=/usr/include/atlas --enable-plplot --with-plplot-libdir=/usr/lib/plplot5.10.0 --with-plplot-incdir=/usr/include/plplot
make 
sudo make install 

 

Компіляція та встановлення SExtractor

SExtractor є програмою, котра створює каталог об'єктів з астрономічного зображення. Хоча вона орієнтована на великомасштабні огляди галактик, програма може добре працювати на зображеннях, помірно заповнених зорями.
Спершу завантажимо архів кодів програми, використавши посилання на ось цій сторінці. 
Наразі найсвіжішою є субверсія trunk.r332

Увага! Ймовірно, що вам спершу буде неохідно встановити залежності:
sudo apt-get install libatlas-dev libatlas3-base libatlas-base-dev

Відкриваємо Термінал та виконуємо наступні команди:
./configure --enable-threads=12 --with-atlas-libdir=/usr/lib/ --with-atlas-incdir=/usr/include/atlas
make
sudo make install

Компіляція C-Munipack для пошуків змінних зірок

Аматори астрономії, а також професійні астрономи, котрі займаються пошуками та спостереженнями змінних зірок, можуть використати програму C-Munipack.
На сторінці завантажень ми бачимо архіви кодів програми: наразі найостаннішою стабільною версією програми є cmunipack-2.0.17
Увага! Хто хоче, той також може завантажити пакет файлів cmpack-samples-1.2.1.zip для пробної обробки.

Перед тим, як компілювати C-Munipack, потрібно встановити кілька залежностей:
    cfitsio     >= 3
    expat      >= 2
    wcslib
а також libgstreamer0.10-dev
та libgtk2.0-dev

Відкриваємо Термінал та виконуємо наступні команди:
sudo apt-get update
sudo apt-get install expat
sudo apt-get install libexpat1-dev
sudo apt-get install libgstreamer0.10-dev
sudo apt-get install libgtk2.0-dev

Для завантаження та встановлення останньої версії CFITSIO виконуємо команди:
wget ftp://heasarc.gsfc.nasa.gov/software/fitsio/c/cfitsio_latest.tar.gz
tar xvzf cfitsio_latest.tar.gz
cd cfitsio
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install

А тепер завантажимо та встановимо WCSLIB:
wget ftp://ftp.atnf.csiro.au/pub/software/wcslib/wcslib.tar.bz2
tar xvjf wcslib.tar.bz2
cd wcslib-*
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install

Примітки:  компіляція WCSLIB потребує pglplot, котру нам також потрібно встановити:
sudo apt-get install pgplot*

Також встановимо:
sudo apt-get install fort77  

Тепер можна компілювати та встановлювати власне C-Munipack:
wget http://sourceforge.net/projects/c-munipack/files/latest/cmunipack
tar xvzf cmunipack
cd cmunipack-*
./configure 
 make
sudo make install 
sudo ldconfig

Запуск програми у Терміналі через команду:
muniwin

Увага! Програма також використовує каталог BRKA, котрий можна завантажити зі сторінки http://var2.astro.cz/brno/brka.php

Скрипт від Xavier Damman для встановлення останньої версії FFmpeg на Ubuntu 15.04

FFmpeg є комплексом вільних комп'ютерних програм та бібліотек для перетворень та роботи із відео та аудіо файлами.

Для його встановлення, я рекомендую використати готовий скрипт від  Xavier Damman.

Після завантаження цього скрипта,дайте йому дозвіл на виконання, а після запустіть скрипт, вкажіть пароль адміністатора та чекайте, поки він сам встановить FFmpeg та потрібні залежності.

Крім цього, скрипт створить для deb пакети, котрі матимуть назви щось типу ffmpeg_201504142329-git-1_amd64.deb та qt-faststart_201504142332-git-1_amd64.deb, де 201504142329 - це час створення, а amd64 - то тип архітектури мого комп’ютера.

Редагування меню grub2 в Grub Castomizer ч.2

!8 вересня 2012 року я написав статтю Редагування меню grub2 в Grub Castomizer

А це доповнення на тему, звідки можна завантажити deb пакет для встановлення: наразі ви можете завантажити та встановити Grub Customizer 3.0.2

Компіляція астрономічних програм CASUTools

Мова йтиме про CASUTools зі сторінки  Cambridge Astronomy Survey Unit.
Спершу нам потрібно завантажити та встановити CFITSIO та WCSLIB.

Примітки:  компіляція WCSLIB потребує pglplot, котру нам також потрібно встановити:
sudo apt-get install pgplot*

Також встановимо:
sudo apt-get install fort77


Відкриваємо Термінал та виконуємо команди:
wget ftp://heasarc.gsfc.nasa.gov/software/fitsio/c/cfitsio_latest.tar.gz
tar xvzf cfitsio_latest.tar.gz
cd cfitsio
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install

А тепер завантажимо та встановимо WCSLIB:
wget ftp://ftp.atnf.csiro.au/pub/software/wcslib/wcslib.tar.bz2
tar xvjf wcslib.tar.bz2
cd wcslib-*
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install

Тепер йдемо на сторінку, щоб завантажити коди останньої версії  CASUTools: на нами вказану електронну пошту приходить посилання на завантаження архіву кодів.
Завантажуємо архів та розпаковуємо його у домашню директорію, а потім виконуємо у Терміналі команди:
cd casutools-*
./configure --with-cfitsio=/usr/local --with-wcs=/usr/local
make
make install
sudo cp bin/* /usr/local/bin